由于阜康特纳格尔国家湿地公园其特殊的地理位置，使该区域形成河流、沼泽、滩涂、荒漠等多种地类，植被分布也由此形成旱生、盐生、湿生、水生等多种之辈群落。植被过渡明显，使这里构成了准噶尔盆地半干旱区较具代表性的河谷林生态系统，具有典型性和较高的保护价值。

（一）温带矮半乔木荒漠

1.梭梭群系（Form.Haloxylonammodendron）

生于荒漠地区边缘，物种组成简单，主要为梭梭（Haloxylonammodendron），也有盐爪爪（Kalidiumfoliatum）、芨芨草（Equisetumramosissimum）等。

（二）温带灌木荒漠

1.膜果麻黄群系（Form.Ephedraprzawalskii）

本群系主要分布在石砾山坡，物种组成非常单一，除偶见芨芨草之外一般无其他物种伴生。但膜果麻黄也可在其他群系中存在，如上述白榆群系中，靠近石壁区域有丛生。

2.木蓼群系（Form.Atraphaxissp.）

本群系在本区分布不多，仅零星分布在河漫滩、沙石基质之上。偶有红柳（多枝柽柳）伴生，并慢慢演替成多枝柽柳群系。

（三）温带小半灌木荒漠

1.无叶假木贼群系（Form.Anabasisaphylla）

生于公园南部边缘粘质龟裂土上，形成单一优势种群落。伴生有猪毛菜、盐生草等。

（四）多汁木本盐柴类荒漠

1.碱蓬群系（Form.Sueadaglauca）

分布在水库路边盐碱地、沟渠、农田边等。不同分布区伴生种略有不同，分布较广。

（五）温带一年生草本荒漠

1.反枝苋群系（Form.Amaranthusretroflexus）

分布在水磨河流域岸边、田埂等地。植株粗壮，分布广泛，但群系规模不大。

2.盐生草群系（Form.Halogetonglomeratus）

生于水磨沟水库附近的道路边，以盐碱地最为常见。